El servidor BTCPay incorpora una característica importante que elimina el problema de privacidad relacionado con la reutilización de direcciones. Para ello, se proporciona una nueva dirección con cada solicitud de pago. Todo es automático y el comerciante ya no necesita saber qué direcciones pertenecen a qué billetera, tienda, etc. El servidor BTCPay organiza toda la información de pago en un sistema de facturación detallado para el comerciante.

El funcionamiento es bastante sencillo. Los comerciantes conectan una billetera a cada tienda en la que desean recibir pagos. Las facturas generadas para pagos en tienda están directamente vinculadas a la billetera conectada del comerciante. Las direcciones de facturación se derivan de la billetera asociada a la tienda. BTCPay sólo necesita la clave pública extendida de su billetera para generar nuevas direcciones para cada pago. Estas direcciones son monitoreadas por el servidor BTCPay a medida que se transfieren a la cadena de bloques. El estado de los pagos realizados a estas direcciones se detalla en la página de facturación del comerciante de cada tienda.